Sus orígenes se remontan a la fundación, en 1515, del Hospital de San Juan de Letrán, regentado por franciscanas concepcionistas, que establecieron aquí su convento. Tras el traslado de este al centro de la población a finales del siglo XVI, quedó la iglesia como ermita solamente.
La ermita actual, no obstante, no es sino la cabecera del edificio de una nave que, posiblemente, se planteó levantar en el siglo XVIII, pero del que solo llegó a realizarse la capilla mayor. Es de planta cuadrangular, de ocho metros por siete en la base, cubierta con media naranja sobre trompas y dotada de un gran arco toral de donde hubiera arrancado la nave que no llegó a realizarse.
Como obras de interés conserva una talla de San Juan Evangelista, del siglo XVIII, y un Crucificado contemporáneo realizado por el tallista local Julián González. Este Cristo de madera de cedro de enormes dimensiones (2,60 metros y 400 kg) fue un encargo del Colegio San Francisco Javier al escultor local y ha permanecido en el interior del colegio –primero en el patio central y más tarde en la capilla- hasta que tuvo que trasladarse a la Ermita de San Juan por las obras ejecutadas en el colegio para la construcción del salón de actos, que llevaba consigo el derribo de la capilla. Al trasladarse a San Juan, fue necesario cortar la cruz con el fin de que la imagen cupiese en su actual ubicación.
